Coronavirus: todas las cepas que circularon en la provincia de Santa Fe durante 2020

Provinciales 15/05/2021 Por Julieta Balleis
Son seis linajes, identificados en 212 muestras tomadas a santafesinos diagnosticados por covid-19 entre marzo y diciembre de 2020. Los resultados fueron obtenidos gracias al trabajo del Proyecto PAIS.
sars covid

El Consorcio Proyecto PAIS –creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación– presentó en su último informe la caracterización genómica completa de sars-cov-2 de 212 muestras obtenidas de pacientes con diagnóstico de covid-19 en Santa Fe entre marzo y diciembre de 2020, en el marco de la primera ola de coronavirus en la provincia.

Las secuencias identificadas corresponden a seis cepas reportadas previamente en el país: B.1.499 (56%), N.5 (35.4%), N.3 (1,4%), B.1 (4,7%), B.1.1 (1,4%) y B.1.1.28 (0,9%). Particularmente, se observó que el linaje B.1.499, identificado con mayor frecuencia entre junio y octubre, se vio desplazado por el linaje N.5, detectado mayormente entre noviembre y diciembre.

Primera ola de la pandemia
El informe, que abarca desde el 23 de marzo al 22 de diciembre de 2020 (semana epidemiológica 13/2020 a semana epidemiológica 52/2020) e incluye muestras de 212 individuos residentes en 58 localidades con transmisión comunitaria en toda la provincia, identifica la introducción, circulación y establecimiento de los linajes de sars-cov-2.

 El primer contagio reportado en la provincia data del 14 de marzo de 2020, pero recién a partir de julio comenzó a registrarse un aumento de casos, la mayoría correspondientes a los departamentos más poblados.

Mediante análisis filogenético se determinó que todas las secuencias de la provincia de Santa Fe pertenecieron al linaje B.1 o sus (sub)linajes derivados, que posee amplia distribución tanto a nivel mundial como en Argentina. Se encontraron representantes de los linajes B.1.499 (119 secuencias: 56,1 %), N.5 (75 secuencias: 35,4 %), N.3 (3 secuencias: 1,4 %), B.1 (10 secuencias: 4,7 %), B.1.1 (3 secuencias: 1,4 %) y B.1.1.28 (2 secuencias: 0,9 %).

 Estos linajes corresponden a los virus que inicialmente fueron los principales causantes de los brotes en Europa y América del Norte, como el B.1 y el B.1.1, o bien, son derivados de linajes originarios de Brasil como el B.1.1.33 (y sus derivados N.3 y N.5) o el B.1.1.28, que resulta el linaje ancestral de la variante 501Y.V3 (linaje P.1, Manaos) y del linaje P.2 (Río de Janeiro).

El Proyecto PAIS
Creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación de la Nación, el Consorcio Interinstitucional para la secuenciación del genoma y estudios genómicos de sars-cov-2 (Proyecto PAIS) está conformado por grupos de investigación de diferentes instituciones y coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez.

 El equipo trabaja articulada y colaborativamente para realizar estudios genómicos de sars-cov-2 en nuestro país y aportar tanto al conocimiento local como a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Entre sus objetivos se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de sars-cov-2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular.

 El análisis e interpretación de los resultados de este informe fue realizado por los integrantes de los nodos de secuenciación de la provincia de Santa Fe (Rosario y Rafaela) y el nodo evolución de Santa Fe (Grupo Virología Humana (IBR-CONICET/UNR) y Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas (UNR).

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